diff --git a/src/Makefile b/src/Makefile
index 5bde17598d..856af19e08 100644
--- a/src/Makefile
+++ b/src/Makefile
@@ -616,9 +616,9 @@ install: install-kernel-dep install-kernel-indep
 install-dirs:
 	$(DIR) $(DESTDIR)$(EMC2_RTLIB_DIR) \
 		$(DESTDIR)$(sysconfdir)/linuxcnc $(DESTDIR)$(bindir) $(DESTDIR)$(libdir) \
-		$(DESTDIR)/lib/linuxcnc $(DESTDIR)$(includedir)/linuxcnc \
+		$(DESTDIR)$(prefix)/lib/linuxcnc $(DESTDIR)$(includedir)/linuxcnc \
 		$(DESTDIR)$(docsdir) $(DESTDIR)$(ncfilesdir) \
-		$(DESTDIR)/etc/X11/app-defaults $(DESTDIR)$(tcldir)/bin \
+		$(DESTDIR)$(prefix)/etc/X11/app-defaults $(DESTDIR)$(tcldir)/bin \
 		$(DESTDIR)$(tcldir)/scripts \
 		$(DESTDIR)$(mandir)/man1 \
 		$(DESTDIR)$(mandir)/man3 \
@@ -686,7 +686,7 @@ install-kernel-indep: install-dirs
 	$(FILE) $(DOCS_HELP) $(DESTDIR)$(docsdir)
 	$(TREE) $(NC_FILES) $(DESTDIR)$(ncfilesdir)
 	$(EXE) ../nc_files/M101 $(DESTDIR)$(ncfilesdir)
-	$(FILE) ../tcl/TkLinuxCNC $(DESTDIR)/etc/X11/app-defaults
+	$(FILE) ../tcl/TkLinuxCNC $(DESTDIR)$(prefix)/etc/X11/app-defaults
 	$(FILE) Makefile.modinc $(DESTDIR)$(datadir)/linuxcnc
 	$(EXE) $(TCL) $(DESTDIR)$(tcldir)
 	$(FILE) ../tcl/hal.so $(DESTDIR)$(tcldir)